Michael Kleim wuchs im Einklang mit der herrschenden Ideologie auf und war während der Schulzeit in der FDJ aktiv. Erste Irritationen entstanden, als er sich der subkulturellen Tramperbewegung anschloss. Lebenskulturelle Alternativen, spirituelle Erfahrungen und gesellschaftskritische Ansätze wurden für ihn immer wichtiger. Nach dem Grundwehrdienst distanzierte er sich endgültig von der Diktatur. 1982 ließ er sich taufen und nahm Kontakt mit der kirchlichen Friedensbewegung auf. Bereits kurz nach Beginn seines Theologiestudiums an der kirchlichen Hochschule in Naumburg engagierte er sich im Friedenskreis der Studentengemeinde, später bei Menschenrechtsgruppen. Michael Kleim war überregional aktiv und Autor mehrerer Samisdat-Blätter. Internationale Kontakte bestanden zu Charta 77, zur ungarischen Opposition, nach England, den Niederlanden, der Bundesrepublik Deutschland und nach Kanada. Kleim arbeitete an Konzepten für eine europäische Friedensordnung, diskutierte die offene deutsche Frage und die Demokratisierung der Innen- und Außenpolitik. Er unterstütze blockübergreifende Initiativen. Die Aufarbeitung des Stalinismus brachte er durch illegale Seminare und Samisdat-Veröffentlichungen voran.
Nach der Friedlichen Revolution blieb Michael Kleim dem Bereich der Menschenrechtsarbeit verbunden. Er versteht darunter gleichermaßen u.a. seinen Einsatz gegen das Erstarken rechtsradikaler Gruppen, als auch für eine liberale Drogenpolitik.